Prosperidad Social cuenta con 35 direcciones regionales: Bogotá D. C., Magdalena Medio, Urabá y una en cada departamento del país, encargadas de llevar a cabo la gestión de la entidad a nivel territorial e implementar y hacer seguimiento a las políticas públicas que contribuyen a la justicia social, económica y ambiental, mediante la atención con enfoque diferencial a la población en situación de pobreza y de vulnerabilidad en los territorios.